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2002年9月成立东北农业大学理学院。理学院是东北农业大学基础课教学与专业课教学融为一体的教学科研单位，承担着全校本科生、硕士和博士研究生的基础课程教学工作。2012年学院被评为黑龙江省师德师风建设先进集体，2013年学院获得黑龙江省教学管理先进单位荣誉称号。
理学院现设有数学、物理两个公共教学部；信息与计算科学、统计学、应用化学三个系；数学、物理、化学三个实验中心；院办公室和辅导员办公室。理学院拥有化学工程与技术一级硕士点，开设信息与计算科学、统计学、应用化学、化学生物学等4个本科专业，其中应用化学本科专业为黑龙江省普通高等学校本科重点专业。此外理学院招收管理科学与工程、金融、农业系统工程、动物营养和农药学等研究方向的硕士和博士研究生。

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